成绩虽斐然，但特色农产品产业毕竟处于行业发展期，还存在一些问题亟待解决，如经营散、品牌乱、主体弱、规模小等。经营散，指的是特色农产品从生产、贮藏、加工、流通到消费的整个产业链的经营都是分散的，集中度不高，大的主体少。从农户的分散种植，到农产品流通经纪人倒货，以及众多中小型企业参与的加工流通环节，都是分散型的。虽然很多特色农产品有行业协会，但是协会很多都是各干各的，没有形成合力。品牌乱，表现在两方面：一是区域公用品牌管理比较乱，如铁棍山药为焦作温县产的怀山药特有的区域公用品牌，但是在市场上买的一根铁棍山药，却有可能是山东产的;另一种乱是企业的自有产品品牌比较乱，由于产业的主体多，有企业，有合作社，还有很多流通经纪人，于是每个主体都给特色农产品取一个品牌名字，而且各说各的品牌故事，造成一个区域的特色农产品有几十个品牌，大多数品牌的年销售额都很小，也就几十万或几百万元，这样给消费者乱的感觉，无法辨别到底哪家的正宗，哪家是真的好。

主体弱，指的是从事特色农产品产业链各个环节的大多数主体处于弱势地位，对市场不敏感，组织经营能力弱，导致效益不好，而且不稳定。特色农产品也是市场经济，需要经营者有经营管理能力，既要懂得农业的规律，还必须懂得市场经济条件下如何去经营好一个产业。然而，很多的特色农产品经营主体由于外在或内在的原因，没有把特色农产品的资源优势转化为产品优势，进一步转化为品牌优势。

规模小，一方面指的是很多特色农产品的整体规模偏小。例如，据调研，2013年，地理标志农产品每个品种的产值在2亿～5亿元，而地理标志农产品基本都是特色农产品中的佼佼者，属于当地比较好的特色农产品，更多的没有申请成地理标志的特色农产品产值就更低了。另一方面单个的主体规模小，特色农产品的标准化基地建设投资大、周期长、回报率低、现金流动性差，需要不停地投入，所以，大多数从事特色农产品的企业或者合作社自己建的基地规模都不大，基本按照“公司+农户”的模式进行生产。